科研工作流程

每个科研工作者都有自己的科研工作流程，我倾向于利用不同的软件组合来提高工作效率。我一开始舍本逐末尝试了许多软件，导致工作流程越来越模糊，效率低下。后来才意识到形成正确的工作流程才是最重要的，软件只是工具，越精简越好。我目前的工作流程是：

1. 确定课题，在电脑上建立课题文件夹，并通过 Git 同步到 GitHub上的私人仓库，进行版本控制。
2. 在 arXiv 和 inSPIRE 上查阅文献。
3. 使用 Zotero 和 SumtraPDF 管理和阅读文献。
4. 在 Slack（公式支持）上与课题组或合作者讨论问题。
5. 使用 Typora 和 LyX（镜像）做笔记和推导公式。
6. 使用 VS Code 扩展 Jupyter 和 LaTeX Workshop 进行 Python 编程和论文写作。

以下具体展开我的工作流程。

确定课题

首先，强烈推荐使用同步云软件存储资料，以防电脑故障或者丢失。我的科研文件夹分成了以下几类：大纲、资源、笔记、工作、报告和教学。我在大纲中确立科研的目标和方向，一旦有想法就记录下来，由此确定课题。我收集的资源大概包括别人写的程序、演示文稿和教材讲义，文献也存放在这里。工作文件夹中的每一个课题都有对应的 GitHub 私人仓库，对该课题的笔记、论文、程序等进行版本控制。

管理和阅读文献

做科研首先是阅读文献，因此有效地管理文献至关重要。目前文献管理软件层出不穷，功能大同小异，基本包含了导入文献信息和导出引用格式这两个功能。由于 EndNote 太贵，Mendeley 太丑，Citavi 太强，我最终选择了免费开源、界面舒服、功能适中的 Zotero。它拥有丰富的插件，而且插件后缀 .xpi 与火狐浏览器的相同；也就是说，对火狐浏览器的插件稍加修改就可以直接应用到 Zotero 中。我的习惯是将所有文档放在同一个云盘目录中，这样不管在哪一个设备中都可以方便查询和编辑。但 Zotero 默认在 storage 文件夹中为每一个文档单独建立一个子文件夹，看起来非常凌乱。为此安装一个重要插件 ZotFile，用于管理附件和自动重命名等。安装插件的方式是点击 Tools - Add-ons，将下载好的插件拖放进去。安装好之后，点击菜单栏 tools - ZotFile Preferences 对 ZotFile 进行如下设置：

• 在 Source Folder Attaching New Files 中选择文档的存储路径（位于云盘中）。在浏览器中查看论文，可以通过官方扩展添加 PDF 文件到 Zetero，此时 ZotFile 会自动对其重命名和保存到该路径中。

  

• 若是通过本地添加文件，Zotero 依然会默认将其保存到 storage 文件夹中。可以在 Location of Files - Custom Location 中选择了上述路径。平时在添加本地文件后，右键选取该条目，点击 Manage Attachments - Rename and Move ，手动令 ZotFile 重命名附件并移动到上述路径。这个操作支持批量处理，即可以全选，右键批量重命名和移动。

• 确保所有的文件都在同一个目录中，平时可以使用平板和手写板看论文和做笔记。

  

  右键选取条目，点击 Manage Attachments - Send to Tablet，会自动复制该文档到 tablet 文件夹中。对 tablet 中的文档做笔记、加批注等。阅读完一篇文献后， 在 Zotero 左侧的 Tablet Files 选取，右键点击 Manage Attachments - Get from Tablet，附件会重命名为 *_annotated，并移动到原文献路径。具体如下图所示：

  

  

  在上述设置中，源文件与笔记互不影响。但需要注意的是，对同一个文档只能进行一次这样的操作，因为下次操作会覆盖之前的操作，令上次的笔记丢失！因此，要么不进行 Get from Tablet 操作，让笔记保留在 tablet 文件夹中；要么在完全消化一篇文章后，再递回源目录。

• 设置重命名规则

  

• 高级设置

  

其他常用的插件有：

1. Markdown Here：将笔记替换成 Markdown 格式的文本。选中笔记，点击菜单栏 File -> Markdown Toggle 即可。
2. Better BibTeX for Zotero：管理书目数据，自定义 BibTeX 导出规则。
3. Jasminum：中文元数据支持。
4. Zotero Storage Scanner：通过扫描存储来识别损坏和重复的附件。
5. Zotero Citation Counts Manager：自动从 Crossref、inSPIRE 和 Semantic Scholar 抓取引用次数。
6. PDF 预览

Zorero 支持 WebDAV 同步数据，所以配合坚果云相当方便。但我本身就在使用 OneDrive 同步云软件，而且它也不支持 WebDAV，因此我把附件的路径设置在前面所提到的 Resources 中。在 Zotero 的 Edit - Preferences - Advanced Files and Folders 中设置附件和数据路径，保证 Tools - ZotFile Preferences - General Settings 中的附件路径一致，并设置好文件夹和文件命名规则。

Zotero 中重复的文献条目会出现在 Duplicate Items 标签中，未分类的在 Unfiled Items 标签中，但同一文献条目可以同时出现在不同的分类文件夹中，不算作重复。我基本上把文献分成了四类，即待读、（技术）文档、紧急和工作，其中在工作分类中为每一个课题分别建立一个子分类。需要注意的是，如果想要删除某个条目，右键选择 Move Item to Trash...；若只是从某个分类中移除，则选择 Remove Item from Collection。

此外，浏览器插件 Zotero Connector 是必须安装的，用于从网络上保存 PDF 文档。只需保持 Zotero 软件开启，点击插件，选择保存目录即可。阅读文献时，直接点击对应的条目就可以通过默认的 PDF 阅读器打开文档。我使用 SumtraPDF 这个轻量级的阅读器来阅读，它的优点是启动速度很快，而且拥有实用的快捷键。

笔记和写作

无论是做笔记还是写论文，$\LaTeX$ 都是必备的。虽然现在流行通过 Overleaf 在线协作写论文，但我个人还是倾向于本地环境，因此安装了 TeX Live（镜像）软件发行套装，并通过 VS Code 的扩展 LaTeX Workshop 写论文。具体的设置可以参考知乎一篇的教程。若只有少量的公式输入，我一般使用 Markdown 格式做笔记，尤其推荐 Typora，它不仅支持实时预览，而且主题丰富、操作简单而优雅。而对于大量的公式输入，特别是公式推导时，我更多地使用 LyX（镜像）。它是据我所知最强大的所见即所得软件以及 $\LaTeX$ 编辑器，尤其是对于数学公式的输入和显示堪称完美。此外，有时候需要复制粘贴文献里的公式，这就需要用到 Mathpix Snip。使用快捷键 Ctrl + M 截图，会自动生成和复制对应的 $\LaTeX$ 代码。对于英文论文，可以安装 grammarly 免费检查拼写和语病。

编程

我一般使用 Mathematica 做科学计算，简单而优雅，但对于偏数值的情况，则更多地使用 Python。安装好 Python 之后，将 pip 源设置为清华镜像，然后安装需要的扩展程序库，例如：pip install jupyterlab numpy sympy matplotlib scipy pandas import-ipynb multiprocess。稳妥起见，最好通过 Conda 对 Python 的程序库进行版本控制。接下来在 VS Code 中安装 Python 和 Jupyter 扩展就可以工作了。

个人觉得 Linux 对于 Python 的支持比 Windows 更好，因此也常常切换到 Linux 中工作。Win 10 系统的一个黑科技就是 WSL，即适用于 Linux 的 Windows 子系统。如今完全不再需要安装消耗资源的虚拟机，或者只能同时运行一个系统的双系统了。WSL 使我们可以一边在 Win 10 系统中愉快地进行日常工作和社交，一边运行 Linux 终端跑程序。这时不得不提到 VS Code 的一个大杀器，Remote - WSL 扩展。通过它，我们可以方便地切换到 Linux 环境下编程，而丝毫不影响 Win 10 的运行。WSL 的另一个好处是，Win 10 和 Linux 系统的文件目录可以直接互相访问和运行，真正做到了“我泥中有你，你泥中有我。”¹

科研活动

Slack 是目前比较火的协作平台，我们课题组就是使用这个软件来管理日常的科研活动。GitHub 绝对是项目协作的一个利器，只是在科研社区中的受众还是太少了。

作报告常常需要制作幻灯片。Beamer 使用 $\LaTeX$ 编译，无须担心格式错乱。但 PowerPoint 还是更有灵活性，缺点是它对于公式的支持太弱了。我一般从 LyX 或 Typora 中复制 $\LaTeX$ 代码，粘贴到网页 TeXclip，生成透明背景的可缩放矢量图片（.svg），再拖曳到 PowerPoint 中，一气呵成。

其他

阅读英文文献时难免会遇到陌生词汇，网易有道词典是比较简单的查询和背诵单词的方式，而我选择另一种更自主的方法：GoldenDict 词典和 Anki 抽认卡。比较麻烦的是，GoldenDict 本身不具有词典，需要自己去下载 .mdd 和 .mdx 后缀的词典文件。Anki 是很强大的一个记忆软件，拥有丰富的插件，我只用到其中的 AnkiConnect 和 GD2Anki。使用流程是：点击陌生词汇按 Ctrl + C + C 快捷键，GoldenDict 会自动在相应的词典中查询，同时会把该词汇同步到 Anki 的记忆卡片中，通过记忆卡片和记忆曲线背单词。

资料多了就需要聚合，有趣的网页也需要适时剪藏，以免变成 404。印象笔记就是一款很好的剪藏和建立个人知识库的软件，只是，它现在已经变成印象广告了。作为替代，Trilium Notes 不仅开源、无广告还可以剪藏网页，建立连接图（Link map），高度定制页面和功能，以及部署在服务器等。但功能强大也意味着更多的学习成本。如果只是需要剪藏和编辑网页内容，那更方便的是安装浏览器插件 MarkDownload - Markdown Web Clipper
，直接将网页转换成 Markdown 格式，并下载到本地。默认是通过网络链接显示图片，为了避免将来出现死链无法显示图片（这是常有的事！），可以在扩展选项中设置保存图片到本地，建议和 Typora 的图片设置保持一致。